新版框架默认不再支持改变应用目录（application）和入口文件位置，如果你需要更改，需要自己重新定义入口文件。
下面是一个例子（把入口文件放到应用根目录，并且更改应用目录名称为app）：
<?php
namespace think;
// 定义应用目录
define('APP_PATH', __DIR__ . '/app/');
// 加载框架基础引导文件
require __DIR__ . '/thinkphp/base.php';
// 添加额外的代码
// ...
// 执行应用并响应
Container::get('app', [APP_PATH])->run()->send();如果是V5.1.2+版本，上面的最后一行代码可以使用下面的替代：
Container::get('app')->path(APP_PATH)->run()->send();更改应用目录名称和位置可能导致默认的命令行操作失效，你需要同步自定义根目录下面的think文件。
总结：
一、把public目录下的所有文件复制到public目录外。
二、修改index.php文件内容如上面内容，如果是5.1.2版本以上的，需要替换成以下代码
Container::get('app', [APP_PATH])->run()->send();改成
Container::get('app')->path(APP_PATH)->run()->send();三、把根目录下的application目录改为app