1、使用MyISAM而不是InnoDB
MySQL有很多的数据库引擎，单一般也就用MyISAM和InnoDB。
MyISAM是默认使用的。但是除非你是建立一个非常简单的数据库或者只是实验性的，那么到大多数时候这个选择是错误的。MyISAM不支持外键的约束，这是保证数据完整性的精华所在啊。另外，MyISAM会在添加或者更新数据的时候将整个表锁住，这在以后的扩展性能上会有很大的问题。
解决办法很简单：使用InnoDB。不过这里我一般都试用了MyISAM
2、使用PHP的mysql方法
PHP从一开始就提供了MySQL的函数库。很多程序都依赖于mysql_connect、mysql_query、mysql_fetch_assoc等等，但是PHP手册中建议：
如果你使用的MySQL版本在4.1.3之后，那么强烈建议使用mysqli扩展。
mysqli，或者说MySQL的高级扩展，有一些优点：
有面向对象的接口
prepared statements(预处理语句，可以有效防止SQL-注入攻击，还能提高性能)
支持多种语句和事务
另外，如果你想支持多数据库那么应该考虑一下PDO。
3、不过滤用户输入
应该是：永远别相信用户的输入。用后端的PHP来校验过滤每一条输入的信息，不要相信Javascript。像下面这样的SQL语句很容易就会被攻击：
$username = $_POST["name"]; $password = $_POST["password"]; $sql = "SELECT userid FROM usertable WHERE username='$username'AND password='$password';"; // run query...
这样的代码，如果用户输入”admin’;”那么，就相当于下面这条了：
SELECT userid FROM usertable WHERE username='admin';
这样入侵者就能不输入密码，就通过admin身份登录了。
4、不使用UTF-8
那些英美国家的用户，很少考虑语言的问题，这样就造成很多产品就不能在其他地方通用。还有一些GBK编码的，也会有很多的麻烦。
UTF-8解决了很多国际化的问题。虽然PHP6才能比较完美的解决这个问题，但是也不妨碍你将MySQL的字符集设置为UTF-8。
5、该用SQL的地方使用PHP
如果你刚接触MySQL，有时候解决问题的时候可能会先考虑使用你熟悉的语言来解决。这样就可能造成一些浪费和性能比较差的情况。比如：计算平均值的时候不适用MySQL原生的AVG()方法，而是用PHP将所有值循环一遍然后累加计算平均值。
另外还要注意SQL查询中的PHP循环。通常，在取得所有结果之后再用PHP来循环的效率更高。
一般在处理大量数据的时候使用强有力的数据库方法，更能提高效率。
6、不优化查询
99%的PHP性能问题都是数据库造成的，一条糟糕的SQL语句可能让你的整个程序都非常慢。MySQL的EXPLAIN statement，Query Profiler，many other tools的这些工具可以帮你找出那些调皮的SELECT。
7、使用错误的数据类型
MySQL提供一系列数字、字符串、时间等的数据类型。如果你想存储日期，那么就是用DATE或者DATETIME类型，使用整形或者字符串会让事情更加复杂。
有时候你想用自己定义的数据类型，例如，使用字符串存储序列化的PHP对象。数据库的添加可能很容易，但是这样的话，MySQL就会变得很笨重，而且以后可能导致一些问题。
8、在SELECT查询中使用*
不要使用*在表中返回所有的字段，这会非常的慢。你只需要取出你需要的数据字段。如果你需要取出所有的字段，那么可能你的表需要更改了。
9、索引不足或者过度索引
一般来说，应该索引出现在SELECT语句中WHERE后面所有的字段。
例如，假如我们的用户表有一个数字的ID(主键)和email地址。登录之后，MySQL应该通过email找到相应的ID。通过索引，MySQL可以通过搜索算法很快的定位email。如果没有索引，MySQL就需要检查每一项记录直到找到。
这样的话，你可能想给每一个字段都添加索引，但是这样做的后果就是在你更新或者添加的时候，索引就会重新做一遍，当数据量大的时候，就会有性能问题。所以，只在需要的字段做索引。
10、不备份
也许不常发生，但是数据库损毁，硬盘坏了、服务停止等等，这些都会对数据造成灾难性的破坏。所以你一定要确保自动备份数据或者保存副本。
11、另外：不考虑其他数据库
MySQL可能是PHP用的最多的数据库了，但是也不是唯一的选择。 PostgreSQL和Firebird也是竞争者，他们都开源，而且不被某些公司所控制。微软提供SQL Server Express，Oracle有10g Express，这些企业级的也有免费版。SQLite对于一些小型的或者嵌入式应用来说也是不错的选择。